Верно, причина в скриптах. Некоторые антивирусники кричат на сомнительные скрипты. Но не стоит этого пугаться, просто спросить какой антивирусник у того кто обнаружил вирус, и проверить таким антивирусником. Вероятно скорее всего антивирус покажет что-нибудь такое, связанное с рекламой. У вас то рекламы видно хватает на сайте? Ещё нередко можно проверять вирустоталом, прямо по ссылке
Добавлено через 10 минут Прошу обратить внимание на адрес в браузере. Это index.html, вот там как раз таки и есть рекламный скрипт, точнее два, которые как "реклама-вымогатель".
Тут есть два варианта решения данной проблемы. Первый:
Удалить в корневой директории файл index.html или отредактировать его, но лучше удалить
Второй: создать файл .htaccess в корневой директории или вписать в него если существует
и проблема решится сама собой
Добавлено через 20 минут VT (кликабельно) это касаемо вашего якобы сомнительного скрипта. Это скрипт очевидно очередная реклама, а что касаемо вирусов - вирусов нету (не берётся в расчёт контент - может там программы, музыка, видео). Всплывающие блоки типа у вас вирус, как раз таки вероятно по этой причине Вам и пишут что на сайте сидят вирусы, так же фишка с ВК: начинающими юзерами распознаётся как вирус, говорю так потому что сам был таким, думал если выскочило такое окошко что то связанное с моей страничкой какой-либо социальной сети, я закрывал сайт с вердиктом "Вирус". Убирайте рекламу, она губит любой сайт, особенно в таком количестве. Поставьте рекламу от GoogleAdWords, это будет лучше, и доход есть, и не назойливо на глаза