Есть спец. программа от разработчиков фреймворка, называется .NET Framework Cleanup Tool
Ей можно грохнуть все версии, потом по очереди поставить. Удалять нужно именно ВСЕ версии, потому-что даже если выбрать какую либо одну, все равно повреждаются файлы, необходимые для работы остальных.