Вы используете устаревший браузер. Этот и другие сайты могут отображаться в нём некорректно. Вам необходимо обновить браузер или попробовать использовать другой.
CMS для магазина нужно оценивать не сколько по удобству админки, сколько по возможностям администрирования. Особенно по удобству витрины для покупателя. Wordpress все-таки движок для блогов, а не для магазинов.
По артикулам можно привязать в Экселе через ВПР().
Опенкарт популярен потому для него напилили кучу всяких модулей, CSV Price PRO, XML/YML диспетчер, много модулей для синхронизации с 1С.
Вижу категории и список товаров. Что оно с ними делает?
Поведение Яндекса не всегда можно предсказать. В таких случаях может помочь легкий прогон по аккаунтам Твиттера (стоит обычно около 1$) или несколько входящих ссылок с учетом ПФ. Хотя тут еще может быть, что роботы индексируют, а сайта в выдаче вообще нет...
Будут дубли, если не сделать редирект (хотя все-равно некоторое время будут дубли в индексе). Если там есть качественные или полезные статьи, их можно перенести на новый сайт и сделать редирект. Остальные страницы старого сайта можно использовать как начальную ссылочную массу и разбавить его...