У меня недавно тоже сайт выпал из Яндекса полностью, а было 9к страниц в нем, я написала Платону, мне ответили, что для моего сайта главным зеркалом является домен мой же, но с приставкой www, а оттуда идет перенаправление на домен без этой приставки. В общем я выставила везде автоматически...